化學絮凝是目前國內外普遍采用的、提高廢水處理效率的一種既又簡便的固液兩相體系分離的水處理方法，作為預處理、中間處理或深度處理的手段已成功應用于制藥廢水處理中。一般認為，化學絮凝對制藥廢水的抑菌有明顯削減作用，主要是因為復合絮凝劑中高價金屬離子如Ca2+、Al3+、Fe3+及其氫氧化物和有機聚合物等與殘留藥物分子的活性基團結合形成了難溶復合體，并在無機膠體和有機聚合物之間進行架橋，形成復合膠體網鏈并產生粘結、吸附和卷掃等聚沉分離作用，從而使藥物分子喪失其生物活性、廢水藥物效能被去除，COD得到同步去除。

由于制藥廢水，尤其抗生素廢水中殘留的有害藥物成分、發酵中間產物和部分原料等對生化處理中的微生物可能產生強烈的抑制性，而目前制藥廢水一般都采用二級生化處理，為了達到理想的處理效果，不得不將處理流程加長，有效池容加大。盡管如此，處理效果依然很差，且基建和運行成本也都較高。利用化學絮凝法在預處理階段將制藥廢水中的COD、色度、懸浮物和殘留藥物成分予以大幅度去除，降低廢水的藥物效能，使經過預處理的制藥廢水水質特性發生根本性改變，接近或達到普通有機廢水的水質狀況，為后續處理的順利進行奠定基礎。

    目前國內外有關這方面的報道主要集中在如何利用“外投式”傳統化學絮凝和“內生式”電化學絮凝兩方面。夏遠東等采用由微生物絮凝劑發酵液與改性硫酸鋁構成的新型絮凝劑處理COD的質量濃度為15300mg/L，pH值為6.8的生產的混合廢水，加入量為500mg/L，COD的質量濃度可降為4545mg/L，去除率達到60.3%，廢水的顏色由棕黑色變為黃色;曾常華等采用鐵屑內電解絮凝沉淀工藝處理生產醋酸酯類醫藥中間體混合生產廢水，廢水COD的質量濃度為5480mg/L，處理后COD下降30%左右，同時廢水的可生化性顯著提高。