發酵制藥就是利用微生物技術，依靠微生物機體在反應器內的生長繁殖及代謝過程來合成抗生素及其他活性物質，并通過分離純化、提取精制，終制成藥物產品的工業工程。發酵制藥工程的工藝過程包括菌種的選育、培養基的配制、滅菌、擴大培養和接種、種子罐(空滅-配制培養基--實滅-無菌接種)擴大培養、發酵(空滅--配制培養基-實滅-無菌接種，通往無茵空氣進行有氧發酵)生產和藥品的分離(等電點法、離子交換法、溶媒萃取法等)、提純(重結晶法)、干燥(噴塔、氣流、烘干等)。包裝(紙筒、鉛筒、袋裝等)等方面。在這些生產過程中都會產生一些生產廢水，發酵類制藥排放廢水中的污染物主要來源于產品發酵過程中殘留的培養基、菌絲體、代謝產物和有機劑等，其中很多都是有色物質因此，發酵制藥廢水大多是有色廢水廢水中有色物質主要來源于兩個方面。

一)來源于生產原料。有些制藥生產的發酵原料本身可能就是有色物質，如生產VB12的原料糖蜜，它是甜菜制糖工芝中的主要副產品，常用作發酵生產的原料。含糖蜜的廢水中含大量的有色物質，通常為深棟色。生物處理后，COD大部分能被去除，但是棟色物質不僅不能去除，甚至會增加，這是因為有色物質在處理過程中再聚合成發色的美拉德反應產物。送些有色物質都進入了生產廢水中，使生產廢水為有色廢水。二)在發酵過程中都會產生有色物質。維生素C(維生素C)制藥生產過程中W山梨酸、玉米漿、多種無機鹽、鹽酸、己醇、丙麗等18種原料，它們都是無色物質。但經發酵、提取、轉化、精制制成產品過程中，通過復雜的生產工藝，產生了大量的高濃度有機廢水排放PW，其中大部分都是有色物質。